Thôi Cổ Thiên hoàng là con gái thứ ba của Khâm Minh Thiên hoàng, mẹ của bà là Kiêm Diên viện (堅鹽媛), con gái của đại thần Soga no Iname (蘇我稻目; Tô Ngã Đạo Mục), một người thuộc gia tộc Soga (蘇我, Tô Ngã).

Làm vợ Mẫn Đạt Thiên hoàng, bà sinh ra được 3 hoàng tử và 5 hoàng nữ, gồm có:

1. Hoàng nữ Uji no Shitsukahi, Thố Đạo Bối Sao hoàng nữ (菟道貝鮹皇女, うじのかいたこのひめみこ), sinh vào năm 570, kết hôn với Thánh Đức Thái tử, con trai của Dụng Minh Thiên hoàng.
2. Hoàng tử Takeda (竹田皇子, たけだのみこ).
3. Hoàng nữ Woharida, Tiểu Khẩn Điền hoàng nữ (小墾田皇女, おはりたのひめみこ), sinh vào năm 572, kết hôn với anh em cùng cha khác mẹ là Oshisako no Hikohito no Oe.
4. Hoàng nữ Karu no Mori, Lô Tư Thủ hoàng nữ (鸕鶿守皇女, うもりのひめみこ).
5. Hoàng tử Katsuragi (葛城王, かずらきのみこ).
6. Hoàng tử Wohari (尾張皇子, おわりのみこ).
7. Hoàng nữ Tame, Điền Nhãn hoàng nữ (田眼皇女, ためのひめみこ), kết hôn với cháu trai là Dụng Minh Thiên hoàng.
8. Hoàng nữ Sakurawi no Yumihari, Anh Tỉnh Cung Trương hoàng nữ, (桜井弓張皇女, さくらいのゆみはりのひめみこ), kết hôn với anh em cùng cha khác mẹ là Oshisako no Hikohito no Oe.